吉田神社は江戸時代、幕府の強い支持のあった、吉田神道に基づく神社である。 近くの清水寺（現在は無住の寺）から吉田神社までは今でも根本一族によって守られた集落がある。 同姓２４軒のコミュニティを形成しており、集落のはずれに根本一族の墓地がある。禁酒法・禁煙法の父根本 正の生家もある。 神社には、町指定天然記念物のツバキ（樹齢約３００年）とコブシ（樹齢約２００年）もある。
なお、那珂町には神社が２５ケ所あり、その内、吉田神社は横堀、東木倉、下江戸、向山の４ケ所にある。